국방부의 군종장교 편향
한국전쟁 초기에 군종장교 제도를 도입할 때에 동서고금의 역사에서 “신도가 가장 많은 종교에 가장 먼저 군종제도를 도입하는 관례”를 무시하고, 당시 전체 국민의 5%에도 채 미치지 못하던 개신교와 천주교의 목사와 신부를 군종장교로 임명하여 선교활동을 할 수 있게 하여 군대 내에서의 기독교 신자 급증을 이끌었다.
반면 불교의 군 법사는, 베트남 전 참전 이후 현지 사령부 요청에 어쩔 수 없이 1968년에야 비로소 임용하기 시작하여 오늘에 이르고 있다. 그 결과 1951년부터 1968년까지 17년간 군복무를 한 수백만의 장병들은 오로지 기독교 세례만 받을 수 있었을 뿐 수계를 받거나 부처님 가르침을 접할 수 있는 기회조차 없었다.
즉, 군종장교 제도는 오로지 기독교에 의해 독점되었고, 그 결과 1966년에는 국방장관-육해공참모총장-해병대사령관과 주월한국군사령관 등 군 수뇌부 전원이 개신교인으로 임명되는 종교차별과 편향이 발생되었다.
한편, 한국전쟁 당시부터 군경 전사자의 위령제를 불교계에서 주도하였지만, 개신교 측의 반발로 위령제 명칭을 쓰지 못하게 하고 추도식으로 바꾸면서 모든 의례를 기독교식으로 바꾸게 된 사건이 발생하였는데, 이 또한 군대 내에 불교는 없이 기독교 군종 장교들만 있었던 것이 주 요인이었다.